2P by neo 2023-08-26 | favorite | 댓글 1개
  • 텔로미어-투-텔로미어(T2T) 컨소시엄이 복잡한 반복 구조로 인한 이전의 도전을 극복하고 완전한 인간 Y 염색체를 성공적으로 시퀀싱하였습니다.
  • 새로운 시퀀스인 T2T-Y는 이전 참조 시퀀스인 GRCh38의 여러 오류를 수정하고 참조에 3000만 이상의 염기 쌍 시퀀스를 추가합니다.
  • 완전한 시퀀스는 TSPY, DAZ, RBMY 유전자 가족의 전체 구조와 추가적으로 41개의 단백질 코딩 유전자, 대부분이 TSPY 가족에서 나온 것을 보여줍니다.
  • T2T-Y 시퀀스는 이전에 조립된 CHM13 게놈과 결합하여 모든 24개의 인간 염색체에 대한 종합적인 참조 시퀀스를 생성하였습니다.
  • T2T-CHM13v2.0 조립과 관련된 데이터 및 자원은 지정된 GitHub 저장소에서 다운로드할 수 있습니다.
  • 이 성과는 유전학 연구에 대한 더 정확하고 완전한 참조를 제공함으로써 인간 유전학과 건강에 대한 새로운 발견을 이끌어낼 수 있음을 의미합니다.
  • 연구자들은 머신러닝 모델, DNA G-사각형 구조 형성, 그리고 다양한 생물정보학 도구를 사용하여 인간 게놈을 분석하였습니다.
  • 이 연구는 마을 개와 자바 긴팔 원숭이를 포함한 다양한 종의 게놈을 비교하여 포유류에서 Y 염색체의 진화를 이해하였습니다.
  • 연구자들은 RAxML을 사용하여 대형 계통 분석 및 후 분석을 수행하고, EMBOSS(The European Molecular Biology Open Software Suite)를 사용하여 생물정보학 분석을 수행하였습니다.
  • 연구는 센트로미어가 A-단계 반복, 직접 반복, STRs로 더 풍부하게 보강되어 있으며, 반면에 HSat1B는 역방향 반복과 거울 반복으로 더 풍부하게 보강되어 있다는 것을 보여줍니다.
  • Y 염색체의 일부인 TSPY 유전자 배열은 G4 및 Z-DNA 모티프로 풍부하게 보강되어 있다는 것이 밝혀졌습니다.
  • 연구자들은 Strand-seq라는 시퀀싱 방법을 사용하여 DNA에서 반복적인 역전을 식별하였습니다.
  • Y 염색체의 완전한 시퀀싱은 유전학 연구에 대한 더 정확한 참조를 제공하고 남성 특정 건강 문제에 대한 새로운 통찰력을 제공할 수 있습니다.
  • 이 논문은 과학 저널인 Nature에 게재되었으며, 이는 연구의 중요성을 나타냅니다.
Hacker News 의견
  • 인간 Y 염색체의 완전한 염기서열 결정에 대한 기사
  • Celera Genomics와 인간 게놈 프로젝트 같은 회사들이 경쟁하는 인간 게놈의 염기서열 결정 분야
  • Craig Venter가 이끄는 Celera Genomics는 처음에 "샷건 방법"을 사용해 전체 게놈을 염기서열 결정했다고 주장했으나, 나중에 전체 게놈을 염기서열 결정하지 않았다고 인정
  • 모든 사람의 DNA가 다르기 때문에 "인간 게놈"이 정확히 무엇을 의미하는지에 대한 의문
  • 유전자 염기서열 결정 과정은 큰 염기서열을 작은 조각으로 나누고, 각 조각을 개별적으로 염기서열 결정한 후, 이를 배열하여 전체 게놈을 형성하는 것을 포함
  • Y 염색체의 염기서열 결정은 그 특성 때문에 어려웠던 작업이므로 중요한 성과
  • Y 염색체의 완전한 염기서열 결정에 대한 소식은 처음으로 지난 12월에 사전 인쇄본으로 발표되었고, 데이터는 3월에 공개되었다. 그러나 동료 심사 과정 때문에 이 결과는 최근에야 Nature에서 공식적으로 발표되었다.
  • 모든 24개 염색체의 염기서열 결정은 게놈학 분야에서 큰 이슈로 간주
  • 이 작업의 함의는 ACM SIGPLAN 기조연설에서 설명된 바와 같이 다양한 분야에서의 잠재적인 응용을 포함하고 있음
  • Y 염색체의 염기서열 결정은 유전적 특성과 그 표현에 대한 더 나은 이해를 가능하게 할 수 있음